Постановлением Совета Министров ДАССР от 11  мая 1988г . № 86  был создан Дербентский Государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник при Министерстве культуры Республики Дагестан.

Учитывая уникальную историко-культурную ценность памятника «Древний Дербент»  в 2003г. был включён в Список Всемирного культурного и природного Наследия ЮНЕСКО.

В феврале 2014 года  премьер-министр РФ Дмитрий Медведев подписал распоряжение о включении цитадели и исторического города в крепостных стенах Дербента в реестр объектов культурного наследия федерального значения.

Как отмечается в справке к документу, территория музея-заповедника и прилегающая к ней историческая городская застройка включает памятники истории и культуры различных эпох и обладает несомненной ценностью с точки зрения истории, архитектуры, градостроительства и природного ландшафта.

13 августа 2020 г. Постановлением Правительства Республики Дагестан музей был переименован в ГБУ РД «Дербентский государственный историко-архитектурный и археологический музей-заповедник»