Научно-исследовательская деятельность музея-заповедника является одной из основных видов его деятельности — основой функционирования музея. Научно-исследовательская работа заключается в осуществлении прикладных исследований, связанных с научно-фондовой, с экспозиционно-выставочной, научно-просветительной деятельностью, накоплении документальных свидетельств и источников знаний, их обработке, изучении и введении в научный и общекультурный оборот.
Научно-исследовательская работа в музее-заповеднике осуществляется в двух направлениях:
Первое направление – изучение музейного собрания и памятников истории, культуры и архитектуры. Этнографическое изучение Дербента, древнего поселения и городской структуры средневекового города, хозяйственные занятия , ремесла и прмыслы, декоративно-прикладное искусство, развитие медно-чеканного и керамического производства, ковроделие. Изучение нематериального культурного наследия: обычаи, традиции, обряды народов и национальностей города Дербента.
Второе направление – музееведческие исследования. Проводятся непосредственно на базе музееведения и смежных с ним дисциплин (социологии, педагогики, психологии). К группе музееведческих исследований относятся:
– разработка концепций музея и отдельных направлений музейной деятельности;
– научное проектирование экспозиций и выставок;
– разработка форм и методов культурно-образовательной деятельности;
– разработка проблем обеспечения физической сохранности музейных коллекций;
– исследование истории создания и функционирования краеведческого музея в Дербенте, а в дальнейшем – Музея-заповедника.
Результаты исследований вводятся в научный оборот, представляются на конференциях, семинарах, заседаниях. Материалы выпускаются в сборниках, каталогах, научно-популярной литературе и в изданиях других учреждений.