Состоит на государственной охране как памятник истории, и архитектуры XI- XIX вв., является объектом культурного наследия федерального значения, на основании Постановления Совета Министров РСФСР №1327 от 30. 08. 1960г.

Мечеть расположена к югу от ворот Кирхляр-капы, видимо от места расположения и произошло название мечети. В плане образует прямоугольник размером 18м х 10 м. Центральная часть перекрыта стрельчатым куполом диаметром 7м. Стены фасадов выполнены из хорошо отесанных прямоугольных камней ракушечника различных размеров. Гладкая, без всяких художественных элементов, стена заканчивается карнизом. Вход в виде арочного портала расположен на северном фасаде.

Боковые четыре отсека здания перекрыты сферическими куполами и отделяются друг от друга и от центральной части стрельчатыми арками. В западной части здания имеется лестница, ведущая на крышу, откуда из-за отсутствия минарета муэдзин призывал правоверных к совершению молитвы.

Освещается мечеть четырьмя окнами в основании центрального купола и двумя окнами на восточной стене. Внутри мечеть оштукатурена и покрашена белой краской. На южной стене центральной части расположена каменная резная панель с михрабом в виде стрельчатой ниши. Пол сделан из камня.

Михраб мечети является уникальным. Он представляет собой филигранную резьбу в виде растительного орнамента и каллиграфической надписи цитат из Корана на алебастровой штукатурке, называемой штук.

Здание мечети украшают несколько надписей. Две одинаковые персидские надписи на восточной колонне внутри мечети сообщают о том, что мечеть сооружена в  1627 году правителем Дербента Кара -ханом по велению персидского шаха Аббаса I (1521-1629).

Здание мечети неоднократно подвергалось ремонту, о чем говорят многочисленные резные надписи в разных ее частях. Из надписи следует, что здание мечети, в силу неизвестных обстоятельств, возможно землетрясения, было разрушено, а затем в 1712-1713 гг. восстановлено на пожертвования верующих.

Современный вид Кирхляр-мечеть приобрела после перестройки в 1748 году.